Hlavním podnětem ke vzniku projektu Česká knižnice byl fakt, že žádný z doposud podniknutých pokusů o prezentaci základního fondu českého písemnictví v jednotně pojaté a celistvé řadě nevedl k žádoucímu výsledku. Národní klenotnice, započatá ve 40. letech našeho století nakladatelstvím ELK a po zrušení ELKu převzatá nově zřízeným Československým spisovatelem, nedosáhla ve svých šedesáti svazcích potřebné šíře. Národní knihovna, vydávaná od listopadu 1948 „z podnětu ministerstva informací a osvěty nakladatelstvím Orbis v Praze“ a řízená zprvu Albertem Pražákem, byla časově omezena na 19. a 20. století a nepřihlížela vůbec k literatuře doby staré a střední. Slunovrat, vycházející v 70. a 80. letech, rozšířil sice zájem i o literaturu starší, výběr autorů i děl však byl až příliš poplatný dobovým ideologickým hlediskům. (To ovšem do značné míry platí i o Národní knihovně.) Dobově vyžadované ideologické postoje poškodily leckde i doprovodné doslovy. U většiny vydaných svazků však dosáhla vysoké úrovně textologická příprava – zásluhou Felixe Vodičky, Rudolfa Havla, Rudolfa Skřečka, Mojmíra Otruby, Jarmily Víškové, Milady Chlíbcové, Ziny Trochové ad. Dalším argumentem pro vydávání České knižnice byl i stávající nedostatek děl české klasické literatury na knižním trhu, včetně těch knih, jež už tradičně tvoří součást povinné školní četby.
Potřeba zahájit vydávání edice, která by soustředila všechna významná, podnětná a krásná díla, jež vytvořila naše literatura od svých staroslověnských, latinských a staročeských středověkých počátků přes humanismus, baroko, národní obrození, devatenácté století až do sklonku století dvacátého, vyvstala s novou naléhavostí po listopadu 1989 a zvláště po vzniku České republiky, kdy jako by se zvláště silně pociťovala nutnost inventury hodnot, jejichž jsme dědici, a kdy navíc bylo možno (poprvé po padesáti letech!) prezentovat tyto hodnoty zcela svobodně, bez jakýchkoli ideových a politických omezení. Několikaleté úvahy a rozhovory směřující k započetí odpovídajícího projektu dostaly závěrečný impuls v podobě nabídky společnosti Harvard Capital & Consulting, která z iniciativy kolegy dr. Květoslava Chvatíka přislíbila vydatně realizaci projektu České knižnice financovat.
Počátkem roku 1996 byla zřízena Nadace Česká knižnice (zaregistrovaná 1. února 1996), vytvořena její správní a vědecká rada a ustaveny tři pracovní skupiny: pro literaturu starší, 19. století a 20. století. Vznikl ediční plán na nejbližší rok, začalo se s ediční přípravou, byla dohodnuta spolupráce s nakladatelstvím Český spisovatel. Harvardská společnost poukázala na nově zřízený účet Nadace Česká knižnice u Komerční banky 1 milion Kč s tím, že další přislíbené prostředky (celkem 5 mil. Kč jako základní vklad a dalších 5 mil. Kč každý rok) budou poukázány později. Zůstalo bohužel jen u slibu: Viktor Kožený dopisem z 1. 5. 1997 prohlásil svou „účast na Fondu České knižnice za ukončenou“. Hrozící finanční katastrofu slibně se rozbíhajícího projektu odvrátila Nadace Český literární fond, jež se smluvně zavázala poskytovat Nadaci Česká knižnice ročně 500 tis. Kč, připraví-li skutečně uvažovaných 10-12 svazků za rok, a v rámci tohoto závazku postoupila Nadaci Česká knižnice svou pohledávku u Českého kulturního trustu ve výši 1 070 000 Kč. Vzhledem k podstatně změněné finanční situaci musela Nadace Česká knižnice ustoupit od prvotního záměru hradit kromě ediční přípravy také jistou část výrobních nákladů, aby Česká knižnice byla svou podstatně dotovanou cenou přístupná i méně majetným čtenářům, zejména studentům a mladým lidem zakládajícím si osobní či rodinné knihovničky.
Přes všechny potíže a nejistotu, která panovala zejména v souvislosti s nepříliš prosperujícím spolupracujícím nakladatelstvím, začala Česká knižnice v roce 1997 skutečně vycházet; na trh však z proponovaných deseti svazků přišly pouze dva: Básně Karla Hynka Máchy a Básně Karla Tomana v grafické úpravě Rostislava Vaňka. Pak Českou knižnici postihla další nesnáz: ještě než si nová ediční řada stačila získat odpovídající renomé, majoritní vlastník silně zadluženého nakladatelství Český spisovatel, Nadace Český literární fond, nenalezl jiné řešení svízelné situace než vyhlásit likvidaci nakladatelství. Pro Nadaci Česká knižnice to znamenalo urychleně vyhledat jiné spolupracující nakladatelství. Tím se nakonec stalo Nakladatelství Lidové noviny, které od Českého spisovatele převzalo tři výrobně rozpracované svazky a uzavřelo s Nadací Česká knižnice rámcovou Smlouvu o poskytování finančního příspěvku na vydávání edice Česká knižnice a vzájemné spolupráci. Nadace Česká knižnice v zájmu projektu přistoupila i na dva rezolutní požadavky nakladatelství: změnit výtvarnou podobu edice a ročně vydávat jen šest svazků. Nadace Český literární fond v souvislosti s redukcí edičního plánu smluvně upravila i výši svého příspěvku na 60 000 Kč na jeden svazek.
V nastalé situaci se Nadace Česká knižnice obrátila o pomoc k Ministerstvu kultury České republiky – přesvědčena, že stát by měl i o klenoty českého písemnictví pečovat se stejnou láskou, s jakou se stará o Národní divadlo, Národní galerii nebo Českou filharmonii. Přihlásili jsme projekt Česká knižnice do veřejné soutěže vyhlášené Ministerstvem kultury na projekty výzkumu a vývoje pro rok 1998 a požádali jsme o dotaci na základní náklad projektu, tj. na „finanční příspěvek na odměny za autorskou tvůrčí činnost a odbornou spolupráci na přípravě titulů edice Česká knižnice“. Na základě posouzení odbornou hodnotitelskou komisí a oponenty jmenovanými vyhlašovatelem veřejné soutěže vyhlašovatel zařadil projekt Česká knižnice „do projektů oceněných, a tedy i financovaných podle zákona č. 300/1992 Sb. v platném znění“.
Rok 1998 se stal nejen prvním rokem fungování projektu Česká knižnice dotovaného prostřednictvím Ministerstva kultury ze státního rozpočtu, ale zároveň i prvním rokem, kdy vydávání České knižnice díky spolupráci s Nakladatelstvím Lidové noviny takříkajíc nabralo dech a dostalo předpokládaný rytmus. V květnu 1998 vyšly první tři svazky v nové moderní „špalíčkové“ úpravě Vladimíra Vimra, další tři pak na počátku listopadu téhož roku. Skladba prvního ročníku názorně předvedla potenciálním zájemcům o Českou knižnici, podle jakých zásad bude knižnice postupně realizována: že totiž každý ročník přinese jedno až dvě díla z české literatury doby staré a střední (tedy středověku a humanismu, případně baroka) a další svazky budou proporčně přiděleny 19. a 20. století, se snahou zachovávat jisté proporce i mezi poezií a prózou, resp. dramaty a tvorbou esejistickou. První svazky také konkrétním výsledkem dokumentovaly oprávněnost tvrzení obsaženého v oslovení čtenářů v katalogu České knižnice, že totiž „text svazků České knižnice bude nově odborně připraven nebo se opře o dosavadní nejlepší vydání. Vědecká spolehlivost a věrnost původnímu znění bude zajištěna moderními metodami textové kritiky, které počítají i s očistou od chyb a vnějších zásahů. Pravopis nebude ztěžovat, ale usnadňovat přístup k dílu. Velkou pozornost věnujeme komentářům, které nemají být autoritativními výklady toho, ,co chtěl básník říci´, ale budou počítat s přemýšlivým, umělecky citlivým publikem a s jeho iniciativou. Nabídnou proto čtenáři především informace o okolnostech vzniku textů, významech symbolů a dobových odkazů, o kulturně historických souvislostech podstatných pro rozvinutí významového potenciálu díla“.
V Nakladatelství Lidové noviny vyšlo v letech 1998-2009 postupně 53 následujících svazků České knižnice. Tempo vydávání šesti svazků ročně se podařilo udržet do roku 2003. Poté se počet svazků snižoval. Nakladatelství se celý projekt zdál málo výnosný a perspektivní, odmítalo připravovat dotisky i vyprodaných titulů. Svazky, které zůstávaly na skladě, byly předávány do výprodeje Levným knihám. Správní rada České knižnice toto jednání vnímala jako porušení smlouvy mezi ní a nakladatelstvím i jako narušení prestiže ediční řady. Proto se rozhodla skončit spolupráci s Nakladatelstvím Lidové noviny a hledat nového nakladatele. Tím se nakonec stalo brněnské nakladatelství Host. Jeho vedení se ukázalo být vstřícné vůči požadavkům České knižnice i dostatečně múzické, aby odlišovalo literární hodnoty a nepoměřovalo jednotlivé autory jejich mravním a politickým profilem. Proto se v programu České knižnice může vedle sebe ocitnout Marie Majerová a Josef Jedlička nebo Vítězslav Nezval a Jakub Deml. Domníváme se totiž, že každý z nich svým způsobem obohatil českou literaturu. Každoročně nyní v nakladatelství Host vycházejí v nové grafické úpravě čtyři svazky, které časově i žánrově reprezentují různá literární období a různé literární druhy. Vydávaná díla jsou stále na skladě a postupně dochází k reedicím starších svazků. Naplňuje se tak aspoň zčásti představa, s kterou Česká knižnice vznikala: připravovat kvalitní a dobře komentované edice základních děl české literatury, které budou k dispozici čtenářům.
V období spolupráce s NLN, kdy Českou knižnici řídil Miroslav Červenka, se přes všechny potíže podařilo vytvořit koncepci této ediční řady a konstituovat hlavní zásady textologické práce i přípravy komentářů. Česká knižnice je jedinečná ediční řada, která systematicky vydává základní díla literatury vzniklé v českých zemích a která není omezena ideově ani jazykově. Vždyť čeština nebyla ani jediným, ani prvním spisovným jazykem na našem území, následovala po latině, staroslověnštině, hebrejštině a němčině, a česká literatura i kultura nebyly po dlouhá staletí jedno-, ale vícejazyčné. Proto jsme zařadili do programu České knižnice díla starší literatury psaná latinsky a staroslověnsky a také Bolzanova kázání psaná německy. Totéž platí i pro ideovou a názorovou orientaci vydávaných autorů. Rozhodujícím kritériem výběru zůstává literární a estetická kvalita textu, na níž se shodne vědecká rada České knižnice.
Během téměř dvacetileté existence České knižnice prošla správní i redakční rada generační obměnou. Je třeba připomenout aspoň některé výrazné osobnosti, které stály u zrodu této edice. Patří k nim Mojmír Otruba (1923-2003), Alexandr Stich (1934-2003), Miroslav Červenka (1932-2005) a Vladimír Justl (1928-2010). Jejich myšlenky a koncepce zformovaly profil ediční řady, ve které se budeme snažit i nadále pokračovat.